Sejarah BMT Al Ikhwan berawal dari berdirinya Pengajian Pedagang Pasar Condong Catur (P3CC) pada bulan Februari tahun 1991. Selain aktifitas keagamaan juga dilaksanakan aktifitas ekonomi yaitu simpan pinjam untuk permodalan anggota dengan sistem memberikan jasa secara suka rela.
Kemudian pada tahun 1998 didirikan Lembaga Ekonomi Produktif Masyarakat Mandiri Pengajian Pedagang Pasar Condong Catur (LEPMM P3CC) untuk dapat mengakses dana JPS (Jaring Pengaman Sosial) dari Direktorat Jenderal Fasilitas Pembiayaan dan Simpan Pinjam Departemen Koperasi.
Pada tahun 2003 mulai diinisiasi pembentukan koperasi, dan pada bulan Maret tahun 2004 LEPMM P3CC berubah menjadi Koperasi Serba Usaha (KSU) BMT Al Ikhwan dengan Badan Hukum koperasi nomor : 178/BH/DP2KPM/III/2004 tanggal 10 Maret 2004. Kemudian sampai dengan bulan Februari 2019 telah dilakukan Perubahan Anggaran Dasar (PAD) sebanyak 2 (dua) kali.
PAD 1 : Nomor 107/PAD/MENEG.1/VIII/2007 tanggal 13 Agustus 2007, memperluas operasi layanan menjadi koperasi nasional.
PAD 2 : Nomor 928/PAD/M.KUM.2/II/2019 tanggal 11 Februari 2019. Dalam PAD kedua, kelembagaan berubah dari KSU menjadi KSPPS (Koperasi Simpan Pinjam dan Pembiayaan Syariah) BMT Al Ikhwan
Sampai dengan sekarang BMT Al Ikhwan sudah mempunyai 3 kantor yaitu :
- Kantor Pusat : Jln. Flamboyan No 382 Perumnas Condongcatur, Depok, Sleman, D.I. Yogyakarta
- Kantor Cabang Semarang : Jln. Satrio Manah IV/15 A Perumnas Tlogosari, Semarang
- Kantor Cabang Mlati : Jln. Kebon Agung 16 B, Bedingin Wetan, Sumberadi, Mlati, Sleman, D.I. Yogyakarta
